开心超人们收到来自沉没古岛“谜瑞岛”的神秘求救信号，却发现岛上居民都是古代超人的意识备份。
星星球的海底地震释放出一段古老的全息信号，信号中反复出现一个名字：谜瑞岛。开心超人和伙伴们潜入深海，发现了一座被透明能量罩保护的古岛。岛上的居民自称“备份民”，他们是三万年前第一代超人的意识数据体，被储存在核心水晶中等待肉身复活。但核心水晶正在衰竭，岛上的副本程序开始出现错乱，导致部分备份民变成了攻击性极强的“错误体”。谜瑞岛的祭司告诉开心超人，只有用五位超人的核心能量重新校准水晶，才能拯救全岛。但这样一来，开心超人他们会失去超能力，变成普通人。与此同时，反派“黑博士”也潜入深海，他想要的是备份意识的技术，从而打造一支永不背叛的超人军队。
本片延续了系列一贯的欢快节奏，但在科幻设定上有了突破性尝试。“备份意识”的伦理困境被巧妙地融入儿童能理解的冒险故事中。海底世界的视觉设计绚烂多彩，打斗与搞笑的比例恰到好处，是暑期档的合家欢首选。
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