四只生活在纽约下水道的天才老鼠组成特工队，它们的任务是阻止一只变异的邪恶蟑螂统治人类早餐桌。
在纽约地下的秘密实验室，四只老鼠因为接触了智慧药水而获得了超强智商和语言能力。队长“威利”是个偏执狂战略家，擅长使用牙签和瓶盖制造武器；爆破专家“巴克”喜欢用老鼠夹跳高；伪装大师“黛西”能完美cosplay任何一种奶酪；还有负责后勤的肥宅“吉米”，它唯一的超能力是通过吃分辨毒药。它们得知，邪恶的天才蟑螂“蟑博士”在一次核废料泄露中变异，它计划在所有人类的早餐麦片里投放“服从素”，从而让人类变成蟑螂的奴隶。超鼠特攻必须潜入全球最大的谷物工厂，在明天的太阳升起之前，阻止数百万份“全营养早餐”变成“全奴役早餐”。然而它们发现，蟑博士的背后操控者，竟然是它们以为早已死去的创造者——一个偏执的疯狂科学家。
典型的梦工厂式合家欢动画，笑点密集，节奏明快。虽然剧情套路化，但细节充满新意，尤其是老鼠们利用人类生活用品进行特工操作的桥段创意十足。反派蟑博士的动机竟然是为了报复人类对蟑螂的“种族歧视”，这种荒谬感构成了影片最大的笑点。
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